由于祖母绿生动鲜明的色彩光度，使它成为如此独特的宝石。然而，真正优质的祖母绿是相当罕见，尤其内含物会影响宝石的颜色与价值，但借由不同的内含物，却可分辨出宝石产地的不同，及其生长环境。优良的内含物不但不会削弱其价值，恰恰相反，即使祖母绿有内含物，但颜色生动晶莹翠绿的祖母绿，其价值还是更高于无内含物及裂缝但颜色却暗淡的祖母绿。当祖母绿的内含物、裂缝或裂纹变得之多之复杂，研究者很诗意地称它为“花园”（Jardin or Garden）。称为花园的祖母绿有着许多绿色微小植物般的内含物，这个特征证明宝石是天然的。

津巴布韦是世界上最古老的祖母绿产地。早在2600多万年前他们已经产出，反之有些巴基斯坦品种却只有900万岁。从化学矿物学角度来看，祖母绿是铍铝的硅酸盐矿物，有良好的硬度，在摩氏硬度表中为7至8，与海蓝宝石、粉红色绿柱石、金黄色绿柱石、浅绿柱石，同属于绿柱石大家族(Beryl)。纯绿柱石是无色的，而祖母绿迷人的绿色通常由铬或钒元素引起。正常情况下，这些元素集中在不同于铍元素的地壳里，所以严格来说，祖母绿也许是不应产生的。但在极复杂激烈的地质构造过程中，诸如造山构造、变质、浮现和土地的侵蚀，这些原本对立的元素相互结合及结晶成为最美丽的宝石之一。

由于祖母绿是在以上极复杂激烈的地质条件下生成的，因此有些形成微小裂缝与裂隙，而一些却有着大量的裂缝及内含物。透过放大镜或显微镜我们可以更了解这个独特宝石的内部构造：我们可看到大小不同的裂隙及不同形状的小结晶体或气泡。而当晶体仍在形成过程中，其中一些是有机会“治愈的” ，因此形成三阶段式内含物 (Jagged) ：充满液体的空穴，一些小气泡和一些小晶体。哥伦比亚的祖母绿则是典型的。逻辑上，动荡不稳定的生成过程阻碍祖母绿组建大型完美的结晶。因此，大型清澈无瑕的祖母绿是十分难得的。由于这个原因，优质的祖母绿是极珍贵。然而只要瑕疵不严重影响宝石的颜色和透明度，都是可接受的质量。