含不同色素离子、杂质以及因呈现不同环带和花纹的玛瑙，其种类繁多，可谓五彩缤纷，所以中国历史上有“千种玛瑙万种玉”之说。这些不透明、半透明和透明的玛瑙有红、蓝、绿、葱绿、黄褐、褐、紫、灰、黑等颜色，有同心状、层状、波纹状、斑纹状等花纹，有油脂光泽、玻璃光泽等。

如果按照形态特征进行分类，玛瑙可划分为以下几个品种：缟玛瑙（包括缠丝玛瑙、截子玛瑙）、红缟玛瑙、苔藓玛瑙（包括树枝状玛瑙）、风景玛瑙（包括城砦玛瑙）、火玛瑙、水胆玛瑙等。而著名的南京“雨花石”就是具同心纹构造的玛瑙的一种。

无论是传说中的黄帝时期的玛瑙瓮、帝喾时期的玛瑙瓮，还是东汉之前的“赤玉”或“赤琼”，抑或东汉及之后来自佛经的“马脑”概念的颜色寓意等，都表明：中国自古以来都将玛瑙中的红色品种视为正宗，奉为上品。因此，中国的古玩行中又有一句非常形象的俗语，就是“玛瑙无红一世穷”。

当然，对于玛瑙而言，非常好的绿玛瑙、黑玛瑙或蓝玛瑙与红玛瑙一样，是非常罕见的品种，价值不菲。