即便你翻遍东汉前的文献资料，都不会发现“玛瑙”这两个字的影子，连东汉许慎著的中国字书大全——《说文解字》的玉部文字中也没有“玛”和“瑙”。这说明至少在东汉之初，中国的文字中尚没有“玛瑙”一词。

“玛瑙”之名始见于佛经。按照中国近代地质学奠基人之一、宝石学家章鸿钊先生的说法，玛瑙“其名亦自后汉佛书流入中土始称”。“玛瑙”之名的确来自梵语称谓“阿湿缚揭波”(Asmargarbha)，如南北朝时鸠摩罗什译《妙法莲华经》称：“马脑，梵云遏湿摩揭婆。”唐代高僧慧琳著《一切经音义》如此解释这个梵语称谓：“‘阿湿缚’(Asmar-)者，此云‘马’也，‘揭波’者(-garbha)，脑也。”因此，“玛瑙”最早是写成“马脑”的。这是因为佛教信徒认为，玛瑙的原石外形或颜色和马脑相似，因此称之为“玛瑙”。譬如魏文帝曹丕著《马脑勒赋》称：“马脑，玉属也，出西域，文理交错，有似马脑，故其方人固以名之。”《妙法莲华经》载曰：“色如马脑，故从彼名。”唐人陈藏器著《本草拾遗》云：“赤烂红色，有似马脑。”或许正因为这种宝石状如马的脑子，所以也有胡人说玛瑙是从马口中吐出来的，如《本草拾遗》记载：“胡人谓马口中吐出者。”

玛瑙是隐晶质石英矿物的集合体，具特征的环带条纹状构造，这些环带条纹是玛瑙所含微量元素(如铁、锰、镍等)发生韵律变化造成的。作为隐晶质石英矿物的集合体，玛瑙常呈现钟乳状、肾状、结核状、致密块状，其环带条纹和形状的确与马脑非常相似，故而古人才将二者作出类比。所以，原石外形或颜色与马脑相似，故称之为“玛瑙”是形象逼真、合情合理的，但胡人所说的“玛瑙是从马口中吐出来的”则是信口雌黄、一派胡言。

另外，玛瑙的英文名称Agate是意大利西西里的阿盖特河（Achates）的拉丁文名称，是意大利首次发现玛瑙的地方，它与东方人所认为的“马脑”没有任何联系。